¡Muy buenos días!

En este post os resumo lo que hemos estado haciendo durante los meses de Agosto y Septiembre.  Como es evidente, la ciencia avanza muy lenta y muchas veces tardamos en generar resultados positivos ( o al menos, lógicos y fiables). Tenemos datos con bastante buena pinta, que tenemos que validar y ver si realmente son tan interesantes como parecen.

Ya os conté que el equipo de Systems Biology Ireland es bastante potente trabajando en el mundo de las proteínas, y me han estado enseñando a procesar las muestras para meterlas en el Espectómetro de masas -ahora vemos que es eso-. Yo voy creciendo mis diferentes líneas celulares, que como también sabéis provienen de tumores de adenocarcinoma de pulmón y están modificadas para poder silenciar diferentes genes que se expresan de manera "anormal" en ese tejido. Silenciamos la expresión de esos genes y miramos qué es lo que pasa a nivel de proteína. La tecnología que nos permite ver esos cambios se llama espectometría de masas.

De manera muy sencilla: si en una célula identifico 100 proteínas, pero cuando le quito un gen -a esa misma célula- identifico 80 proteínas , es que hay 20 proteínas que posiblemente dependan de alguna manera de ese gen para existir. O en vez de aumentar o disminuir, aparecen proteínas diferentes a las de antes. Existen proteínas que son imprescindibles para que otras oncoproteínas (proteínas cancerígenas) favorezcan la aparición de un cáncer.  Si consiguiéramos modificar alguna de ésas piezas clave -que aún no conocemos- podríamos lograr un impacto muy positivo en los pacientes.

Durante el procesamiento de las muestras,  lo que hacemos es extraer de las células sólo las proteínas. Las proteínas las rompemos a su vez en pedacitos más pequeños que se llaman péptidos. Ésos péptidos (los hay más grandes y más pequeños) los hacemos pasar por dentro de una columna muy delgada, de modo que en función de su tamaño y masa unos se irán separando de otros en distancia. Imaginad que un gordo y un flaco entran seguidos en una calle muy estrecha donde el gordo entra muy justo. El flaco puede avanzar más rápidamente que el gordo y a pesar de haber entrado juntos, el flaco saldrá de la calle muy por delante del gordo. Con los péptidos (cachitos de proteínas pasa lo mismo, los hay más grandes y más pequeños).

Una vez separados unos de otros en el líquido que recorre la columna, los péptidos se vaporizan a muchísima presión en forma de microgotas que se evaporan rápidamente. Hemos pasado de tener los péptidos en fase líquida a tenerlos en fase gaseosa. Esos péptidos voladores, tienen una carga neutra, así que son bombardeados con electrones que cambian su energía y fragmentan aún más los péptidos. Aquí tenemos trocitos de trocitos de proteínas con diferente carga y diferente masa. Un detector identifica esos cachitos según su carga y su masa y posteriormente un software que trabaja con algoritmos matemáticos, reconstruye a partir de los cachitos detectados la proteína la que pertenecen. ¡Increíble!. Hay genios en el mundo capaces de construir esto y de desarrollar este tipo de algoritmos.

Os dejo aquí un vídeo que resume toda ésta chapa que os he metido.
 

 


En definitiva, tenemos proteínas interesantes que han aparecido en el análisis y empezaremos a validarlas en breve para determinar si realmente son tan importantes como creemos.

¡Un abrazo!