JUNIO

¡Buenos días! Hoy toca resumir como ha sido el mes de Junio.

Ya estoy bastante bien integrado en el nuevo grupo, empiezo a familiarizarme con el tipo de investigación que aquí se hace y a dominar poco a poco las técnicas.

Hasta el momento, hemos estado probando si somos capaces de detectar e inmunoprecipitar las proteínas con las que estamos trabajando, utilizando los sistemas que aquí usan de rutina.  Aunque parezca extraño, no resulta igual de sencillo trabajar con una proteína o con otra.

Como ya recordareis, generalmente se utilizan anticuerpos para detectar las proteínas. Cada proteína tiene una "secuencia" o una "forma diferente", de modo que los anticuerpos se diseñan para unirse específicamente a esa "secuencia" o "forma". Una vez se han unido, podemos detectar el anticuerpo y "tirar de él"  para precipitar y detectar nuestra proteína.

Imaginad que en una piscina de 100.000 bolas de plástico, ponemos una pelota de tenis y una pelota recubierta con velcro unida a un hilo. Ponemos cada una de las bolas en las esquinas opuestas de la piscina (para que estén lo más alejadas posible). Si movemos las bolas durante un determinado tiempo, la bola de velcro acabará uniéndose a la pelota de tenis y, tirando del hilo, podremos "detectar" la pelota de tenis entre miles y miles de bolas. Nuestra proteína es la pelota de tenis y nuestro anticuerpo la bola de velcro.

La historia hasta este punto es bonita, pero lo cierto es que la realidad es mucho más complicada. La biología es MUY complicada y las proteínas -para hacer nuestro trabajo más divertido-, pueden encontrarse en diferentes estados de forma (primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria).

Los anticuerpos reconocen diferentes partes de la proteína, algunos reconocen zonas de la proteína cuando se encuentra en su estructura cuaternaria (la forma "habitual" de las proteínas), pero otros, sólo lo hacen cuando se encuentra en su forma primaria. Para lo que tratamos de hacer en éstos momentos, necesitamos un anticuerpo que reconozca sí o sí la estructura cuaternaria de nuestra proteína.

Hay proteínas con las que mucha gente ha trabajado y para las que existen anticuerpos muy buenos. Proteínas más extrañas o menos estudiadas o menos habituales, suelen tener disponibles anticuerpos que han sido menos testados, y no siempre funcionan tan bien como la compañía asegura.

De modo que toca poner muy a punto la técnica, los protocolos, los reactivos, y las mezclas químicas para encontrar las mejores condiciones para que el anticuerpo trabaje y se una a la proteína.

En ese punto estoy ahora, una vez tenga una señal "limpia" de la inmunoprecipitación de nuestra proteína, lanzaremos el experimento. Ahí analizaremos a qué otras estructuras se une nuestra proteína para mandar señales que favorecen el proceso tumoral y así comenzar a construir el mapa de regulación que os enseñé el mes pasado.

Os despido desde un Dublín nublado, y con morriña de San Fermines. Se me está haciendo complicado trabajar viendo como se lo pasan mis amigos y mi laboratorio por las calles de Pamplona... Os animo a acercaros por allí, es increíble.

¡Un abrazo a todos!