ABRIL

¡Buenos días!
Este mes volvemos con un poco de teoría de técnicas para explicar cuáles van a ser nuestros siguientes pasos. Todo explicado con muchas imágenes y lenguaje muy sencillo.
Como ya sabéis, FOSL1 es uno de los genes clave que hemos encontrado en nuestras investigaciones, y que es crítico  en  el desarrollo de tumores dirigidos por el oncogén KRAS. También hemos comentado antes cómo FOSL1 regula otra serie de genes que se encuentran implicados en procesos mitóticos, pero, ¿como los está regulando?.
Existen varias posibilidades, una de ellas sería que FOSL1 regulase otra serie de genes que a su vez regulan la expresión de nuestros genes diana. En este caso la regulación sería indirecta.
Otra posibilidad es que FOSL1 regulase a nuestros genes diana uniéndose directamente a ellos. Aquí la regulación seria directa.

 

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Uno de los motivos que nos llevó a perseguir FOSL1, es que además de los potentes datos que teníamos sobre él, era un FACTOR DE TRANSCRIPCIÓN (FT). Un FT es un gen que además de comportarse como los demás genes, es capaz de unirse (en su forma de proteína) a otros genes de forma directa y regular su expresión.
Es decir, muy probablemente FOSL1 esté regulando nuestros genes y ,otros que no conocemos, de forma directa uniéndose a ellos.
Para verificarlo y descubrir a qué otros genes puede estar uniéndose y regulando de forma directa vamos a hacer una INMUNOPRECIPITACIÓN DE CROMATINA (ChIP) para FOSL1. Es decir queremos descubrir a que genes se encuentra unido FOSL1 (amarillos).
¿En qué consiste? ¡Os anticipo que es algo bastante espectacular!
Lo que vamos a hacer es unir a nuestra proteína de FOSL1 unas partículas que se llaman anticuerpos (Ac). Éstos anticuerpos se unen solo a FOSL1 y a nada más. Imaginad que a nuestra proteína (FOSL1) le enganchamos una pinza de tender la ropa (Ac). [PASO 1]
 

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Luego usaremos unas bolitas microscópicas de metal (beads) a las que se van a unir nuestros anticuerpos. Imaginaos unas pelotas de tenis a las que se pegan nuestras pinzas. Lo que hemos conseguido ahora es tener unido a una bolita de metal nuestra proteína FOSL1 (y los "genes" que FOSL1 lleva unidos). Utilizamos un soporte de imanes para secuestrar todo el complejo que está unido a las bolitas metálicas y eliminamos todo lo que no se ha unido al imán [PASO 2].  Así, conseguimos eliminar todos los "genes" restantes a los que no se une FOSL1 (azules) y nos quedamos con una muestra limpia.
Finalmente, extraemos de todo ese complejo de unión los "genes" que nos interesan (amarillos) y los analizamos para ver qué genes son. [PASO 3]

 

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Aunque aquí redactado parezca sencillo, es una técnica bastante más compleja y difícil de conseguir, asi que es probable que los próximos meses escriba posts sobre este tema comentándoos los problemas que nos vamos encontrando...

¡Un saludo!